承平6年（936年）8月、九州の宇佐神宮の分霊を勧請し、長尾郷の総鎮守神として現在地に奉祀した。一万坪の境内には、古墳時代後期の円墳が数多く群集している。社殿は主墳のところに立地している。周辺一帯は、県立亀鶴公園として整備されており、宇佐神社もこの中に含まれており、春には桜が咲き乱れる名所になっている。

宇佐神社の宝物"蛇切丸"のいわれは、元禄年間に宇佐八幡別当神正院の住職であった阿闍梨あじゃり宣政のぶまさが神のお告げで、寒川丹後守元隣の奉納した太刀でもって、社殿にどぐろを巻いて、人に害をおよぼしていた大蛇を寸断退治した。以後、この太刀は宝刀蛇切丸といわれている。

桜の花のころ、疫病が流行ることが多かったので、これを鎮めようとして行った神事。降神の儀のあと、御幣を乗せた花神輿を中心にして、舞女、少年武者、稚児などが神社前から亀島まで続く約300mの満開の桜並木の直線道を練り歩く煌びやかな風物詩。